تفسیر مورد بحث در سی مجلد بزرگ به فارسی و عربی تالیف گردیده است. شـیـوه مـفـسـر روائی چـنـد آیه از قرآن کریم را ذکر نموده سپس به ترجمه فارسیآیات مذکور مـی‌پردازد و بعد تفسیر و تاویل آیه یاد شده را بیان می‌نماید و هنگام ذکر احادیث و روایات مربوط بـه آیـه احـادیث را به فارسی ترجمه نموده و متن تفسیر خویش را در بیان آیه به عربی قرار داده است.
تفسیر آیات یاد شده را در چند فصل تقسیم کرده است. فصل فضائل آیات سپس فصل خواص آیه و بعد شان نزول آیه و امثال آنها و غالبا از تفسیرهای فرات کوفی و تفسیر امام حسن عسکری و تفسیر قمی و تفسیر عیاشی و بیضاوی و کتاب احتجاج طبرسی و مکارم الاخلاق نقل می‌نماید و هنگام نقل بعضی از احادیث، او خود را از ذریه شیخ الطائفه شیخ طوسی معرفی و چنین یاد می‌کند (قال جدنا الا مجد العالم المتعلم بعلوم الصادقین الشیخ ابو جعفر محمد بن الحسن الطوسی). مـجلد اول این تفسیر شامل دیباچه در بیان مقدمات سپس حاوی بیست فصل می‌باشد که متعلق به مسائل قرآن است. و بعد به تفسیر سوره الفاتحه می‌پردازد و چند آیه از سوره بقره. مجلد دوم این تفسیر قسمتی از سوره بقره تا پایان سوره هود را دربردارد.
یـک دوره از ایـن تـفـسیر که بعضی از مجلدات آن به خط مؤلف می‌باشد در کتابخانه وقفی شیخ محمد صالح برغانی حائری در کربلا و بعضی از مجلدات آن در کتابخانه جعفریه مدرسه هندی در کربلا وجود دارد. شیخ آقابزرگ تهرانی از قول شیخ ابوالمجد آقارضا اصفهانی در الذریعة می‌نویسد پانزده مجلد این تفسیر در کتابخانه قزوینیه اصفهان موجود بوده و چند مجلد در کتابخانه ملی تهران موجود است و سـه مـجـلـد ایـن تفسیر در کتابخانه اهدائی مشکوة به دانشگاه تهران (شماره ۱۱) و آن شامل سـوره‌هـای کهف و مریم و طه و شماره ۱۲ شامل سوره‌های انبیاء و حج و مؤمنون و شماره ۱۱۴۰ شامل سوره‌های توبه و یونس و هود می‌باشد.
شیخ محمدرضا نصیری طوسی دارای سه تفسیر دیگر است: ۱) کشف الایات، به زبان فارسی مرتب به ۲۸ کتاب و هر کتاب به هیجده باب که به تفسیر آیات پرداخته است. ۲) مـخـتصر تفسیر الائمه، به زبان فارسی در شش مجلد به شیوه روائی است و آن تلخیص تفسیر الائمه لهدایة الامة است. ۳) ترجمة القرآن، که ترجمه قرآن به اضافه مختصر توضیحاتی که ذیل آیات داده است. کربلا فی حاضرها و ماضیها (خطی).
